Kolbotns Toppserielag har vunnet tre seriegull, tre sølv, fire bronsemedaljer og ett NM-gull i perioden mellom 2000 og 2011, og er i tillegg ett av to norske lag som har nådd semifinalen i europacupen. Kolbotn har spilt 18 år på rad i den øverste divisjonen siden de rykket opp i 1994, og blant de viktigste spillerne for klubben kan nevnes Solveig Gulbrandsen, Hege Bærøe, Kristine Lindblom, Cecilie Berg Hansen, Isabell Herlovsen, Bente Nordby, Ingvild Stensland, Ingvild Isaksen, Bente Nordby og søstrene Ada og Andrine Hegerberg.
Kolbotns første hjemmekamp i øverste divisjon for kvinner var mot Sandviken 22. april 1995, og endte uavgjort 2–2. Linda Burås scoret Kolbotns første mål i den øverste serien, og landslagsspiller Heidi Støre var også i troppen. Etter syv seire på 18 kamper sluttet Kolbotn på 6. plass.
Året etter ble Kolbotn nummer fire, tross femmålstap både borte og hjemme for mestrene Trøndheims-Ørn. Israeleren Silvi Gian scoret 12 mål i serien, nest flest det året, og Kolbotn nådde også kvartfinalen i cupen for første gang. I 1997 fikk Kolbotn Randi Leinan med på laget, og hun scoret 13 mål i den kommende sesongen, inkludert reduseringsmålet da Kolbotn kom tilbake og klarte 2–2 mot Trondheims/Ørn, og dermed brøt deres seiersrekke på 20 strake seriekamper. Kolbotn endte på fjerdeplass, ett poeng bak bronsemedaljør Klepp.
Leinan la opp etter 1997-sesongen, men i 1998 sørget Gian for 16 mål, noe som hjalp Kolbotn til en ny fjerdeplass. De kom også til cupfinalen, men tapte 0-4 mot et sterkt Trondheims-Ørn.
Sesongen 1999 endte med en ny fjerdeplass, tross to seire over bronsemedaljørene Klepp. Hjemmetap for Bjørnar og Athene Moss i serien kostet dyrt, selv om 18-åringene Tonje Hansen og Solveig Gulbrandsen til sammen scoret 26 mål i serien. Laget ble i Sportsboken 1999 beskrevet som et lag med «mange unge talenter».
De unge talentene vant sin første toppseriemedalje året etter, med bronse bak Trondheims/Ørn og Asker. De endte 12 poeng bak sølvet, og fikk bare ett poeng fra sine fire kamper mot topplagene, uavgjort 1–1 mot Asker. I cupen kom Kolbotn til semifinalen, men tapte der 2–3 for Asker, etter å ha ligget under 0–3 ved pause.
Kolbotn sikret seg en ny medalje året etter, med sølv, sju poeng bak Trondheims/Ørn. Laget tapte bare tre av 18 kamper, to for Trondheims/Ørn og bortekampen mot Arna-Bjørnar, men fikk fire poengs forsprang etter 4–1 over Arna-Bjørnar hjemme på Sofiemyr i den 15. serierunden. Med seire i de siste tre kampene sikret Kolbotn sølvet. Gulbrandsen var lagets toppscorer i serien, med 18 mål, og ble årets nest beste spiller på VGs spillerbørs.
Året etter tok Kolbotn det siste steget opp på tabellen; med hjelp av to nye landslagsspillere, Bente Nordby og Ingvild Stensland vant klubben seriegull. Laget radet opp ti strake seire før det ble uavgjort borte mot Røa, og etter et tap mot Trondheims/Ørn som førte de andre lagene innenfor to poengs avstand, avsluttet de med seks nye seire. Christine Bøe Jensen, kom fra Grand Bodø i 2000, ble lagets toppscorer med 19 mål.
Kolbotn fikk en vanskelig start som tittelforsvarer, tross signeringen av Trine Rønning: i 2. serierunde 2003 tapte de 0–6 for Trondheims/Ørn, og ettersom Ørn bare avga to poeng og Kolbotn ingen gjennom den første halvdelen av sesongen, lå Kolbotn ett poeng bak før returmøtet. Det vant Ørn 1–0, og Kolbotn fortsatte med tap for Asker. Dermed ble sesongen en kamp om sølvet og cuprevansj, ettersom Kolbotn slo ut Trondheims/Ørn etter straffesparkkonkurranse i kvartfinalen. Kolbotn vant 5–1 i semifinalen i cupen, men lå bak Asker med tre mål før siste serierunde, etter å ha tapt 1–5 for Liungen. Asker skulle imidlertid møte Trondheims/Ørn; de vant 3–1, og Kolbotn ledet 3–0 da to minutter gjenstod. Men i overtiden scoret Kolbotn tre ganger, og snek seg dermed forbi Asker på tabellen med to måls margin.
Imidlertid klarte ikke laget å ta sin første cuptriumf uka etter. 1. divisjonsvinnerne Medkilasnek til seg NM-tittelen etter 2–1 i finalen, en kamp hvor Kolbotn ifølge NTBs reporter vant «sjansestatistikken overlegent» og i tillegg bommet på et straffespark.
To uker etter spilte Kolbotn kvartfinaler i Europacupen for første gang, mot Malmö FF fra Sverige. Kolbotn hadde kommet seg gjennom gruppespillet på hjemmebane med 25–3 i målforskjell på tre kamper, men kampen mot andreplasserte Juvisy fra Frankrike var jevn og endte 2–1 til Kolbotn. Det ble imidlertid tap 0–2 på bortebane og Kolbotn klarte bare å hente ett mål i returoppgjøret.
I 2004 røk Kolbotn på fire strake tap før sommerferien, og lå på femteplass etter 10 av 18 runder. Med tre runder igjen lå de tre poeng bak bronseplassen, men de tapte de tre siste kampene – inkludert en hjemmekamp mot bronsemedaljør Fløya, som de sluttet fem poeng bak – og ble dermed nummer fem. Kolbotn nådde semifinalen i cupen etter 30–1 på de første tre kampene, men ble slått på straffespark av de senere cupmestrene Røa.
Før 2005-sesongen tippet VG Kolbotn som nummer to, men Kolbotn gikk gjennom sesongen med bare ett tap. Kolbotn hadde vant mot team Strømmen i nest siste serierunde og sikret dermed sitt andre seriegull og europacupplass for 2006–07. Sesongen inneholdt også Kolbotns første serieseier over Trondheims/Ørn.
I 2006 måtte Kolbotn klare seg uten Gulbrandsen halve sesongen, grunnet fødselspermisjon. Likevel vant Kolbotn serien på målstreken.I cupen tapte Kolbotn 1–4 for Røa i kvartfinalen.
Kolbotn ble også det andre norske laget gjennom tidene som nådde en semifinale i europacupen; tross tap for Umeå i gruppespillet gikk laget videre til kvartfinalen, og her slo Kolbotn de regjerende mestrene FFC Frankfurt fra Tyskland på bortemålsregelen. Med en halvtime igjen lå laget under med to mål sammenlagt og 3–0 i kampen, men mål av Gulbrandsen og Herlovsen reddet avansementet. I semifinalen tapte laget imidlertid 1–11 sammenlagt for Umeå IK.
Kolbotn begynte 2007-sesongen med ti strake kamper uten tap, og ledet serien med tre poeng før de dro til Røa i den 11. serierunden. Der ble det tap 1–2, etter at Rebecca Angus ble utvist kort før slutt,[ og Kolbotn lå dermed á poeng med Røa etter halvspilt serie. Lagene fulgte hverandre jevnt fram til VM-pausen i september; i runden etter at landslagsspillerne kom tilbake fra VM i USA tapte Kolbotn 0–1 for Klepp, og overlot serieledelsen til Røa. Deretter dro Kolbotn til Lyon og spilte europacup, men med tap for Lyon og Brøndby røk Kolbotn ut før kvartfinalen. 20. oktober tapte så Kolbotn på ny borte, for Trondheims-Ørn, og seriegullet kunne avskrives. Kolbotn sikret imidlertid sølvet med to avsluttende seire, inkludert 5–1 over seriemestrene Røa i siste kamp, og vant helgen etter NM-pokalen etter 4–2 over Asker i finalen.
2008-sesongen ble den dårligste på fire år; igjen ble Røa for sterke i cupen, med 3–1 i semifinalen. Kolbotn lå på tredjeplass før OL-pausen i juli, og tapte den første kampen etter pausen med 2–3 i Asker, men vant så fire strake kamper og arbeidet seg opp til sølvplass. Etter cuptapet tok imidlertid laget bare tre poeng på de fem siste kampene, og falt gjennom til fjerdeplass i serien. Kolbotn og Strømmen var de eneste lagene som greide å ta poeng fra Røa denne sesongen.
To av Kolbotns tre OL-landslagsspillere, Solveig Gulbrandsen og Trine Rønning, forlot klubben etter sesongen til fordel for nyskapningen Stabæk, mens veteranen Kristin Blystad Bjerke la opp etter sesongen etter over 200 kamper og nesten 80 mål for klubben.
Kolbotn ansatte Dan Eggen som ny trener før 2009-sesongen, og hentet inn blant annet Anja Sønstevold og Camilla Christensen til klubben. Kolbotn tok medalje igjen tross at mange spillere hadde forsvunnet. Etter halvspilt serie ble de omtalt som sesongens overraskelse av lokalavisen etter at laget ledet med ett poeng foran Røa. Laget fortsatte med fem strake seire, men tapte 0–3 for Klepp hjemme i siste serierunde før EM-pausen. Tre dager senere tapte laget også kvartfinalen i cupen, men de var fortsatt ett av tre lag som kjempet om seriemesterskapet. Kolbotn tapte imidlertid både for Røa og Stabæk, og endte dermed på tredjeplass. Isabell Herlovsen klubbens toppscorer i 2009 og den eneste faste landslagsspilleren i klubben denne sesongen, meldte sammen med målvakt Christine Colombo Nilsen overgang til Lyon etter sesongen.
Kolbotn mobiliserte i 2010 nok en gang nesten et helt nytt lag. Nye spillere ble hentet inn til klubben bl.a. Line Smørsgård fra Klepp, Cecilie Liane og Maureen Mmadu fra Amazon Grimstad og Tinja-Riikka Korpela. I tillegg ble Andrine Stolsmo Hegerberg hentet opp fra egen juniorstall. Etter en fantastisk sesong endte Kolbotn opp på nok en bronseplass, marginalt etter Røa og Stabæk.